Alors là, j’ai longuement réfléchi, essayé plusieurs systèmes, à toi de voir ce qui te convient le mieux et aussi ce que tu as le droit de faire (car certains labos exigent un cahier particulier etc…). Voici deux alternatives, et des conseils valables en tout temps:
Le cahier numérique
Si te déchiffrer est aussi facile que de lire la pierre de Rosette, alors tu peux envisager de tout rédiger sur ton ordi. Avantage : très facile à mettre en forme, tu peux faire ton sommaire au fur et à mesure, mettre des liens cliquables, tu peux intégrer tes graphes de manière élégante, tu peux retrouver une manip avec un simple Ctrl+F…
Inconvénients : je n’en vois pas réellement, sauf si tu perds ton fichier…
Le cahier papier « amélioré »
C’est la version que j’avais adoptée car mon encadrant voulait un cahier papier. Il s’agit tout simplement d’un cahier de labo papier mais….avec un sommaire excel par type de manips (« PCR », « préparation milieux », « repiquage souche », etc…) que je remplissais au fur et à mesure et pouvait mettre en forme à ma convenance. A la fin d’un cahier je l’imprimais et collais dedans. Et bien sûr, en parallèle, j’avais créé un fichier « suivi de projet » qui m’a bien sauvé la vie en fin de thèse (article par ici).
U-N-I-F-O-R-M-E
Par exemple, je mettais toujours la date en couleur, en haut à gauche, une référence dans la marge (mon code était toujours le même, exemple « Exp6.1 » pour « expérience page 1 cahier n°6 », ou « Exp8-2.3 » pour « expérience page 2 n°3, cahier n°8 » si j’avais plusieurs expériences sur la même page.
Avantage du code? Quand ta manip s’étale sur plusieurs jours, tu la numérotes toujours avec ce code sur les pages d’après en précisant « suite », et ainsi tu peux facilement retrouver toutes les étapes de ta manip même si elles sont mélangées avec d’autres manips.
A ce propos, il est d’ailleurs utile quand tu as fini une manip qui s’étale sur des pages non consécutives de noter sur la première page les numéros de toutes les pages suivantes concernant ta manip. Ca permet de retrouver plus vite les infos. J’ajoutais aussi un titre PRECIS, puis le but de la manip : ça paraît débile mais parfois après plusieurs mois on ne se souvient plus pourquoi on a fait telle ou telle manip. Pour les manips très répétitives, je les numérotais simplement comme « PCR-n°45 ». Et enfin, la conclusion et les résultats !
T-O-U-T N-O-T-E-R !
Tout noter dans le cahier, je sais on te l’a dit 1000 fois mais tout ça veut dire aussi tout ce qui est contraire à d’habitude, toutes tes erreurs, tes doutes : « la clim est tombée en panne de 10h à 11h pendant la manip », « j’ai cassé le tube n°3 », « je pense avoir inversé le tube 6 et 9 » etc…
Ca veut dire aussi y mettre tes tableaux de données brutes et le résultat analysé, le détail de tes calculs (dans la mesure du possible, hein, si tu fais dans le big data ben oublie le cahier xd). Egalement tes analyses bioinfo : oui oui, il faut consigner tes BLAST par exemple « j’ai aligné le génome X152255.n avec la protéine KH4578P, j’ai obtenu ça ça et ça… », c’est SUPER important !
Tu peux aussi indiquer des liens vers des fichiers : cf « 20170125_manip6 _script-covar » pour un lien vers ton script R ayant servi à faire l’analyse… Et le must du must, c’est d’indiquer un lien vers le fichier d’analyse complet avec tous tes résultats. Si tes données sont bien archivées au fur et à mesure, tu n’auras plus qu’à écrire par exemple « cf dossier THESE> projet> qPCR> 20180523_gene-ref_mus-musculus ».
Indique aussi où tu as pris les produits quand ce ne sont pas des produits habituels, tu dois être d’autant plus précis quand ce sont des manips que tu ne fais qu’occasionnellement ! Enfin indique où tu as rangé les échantillons (cad par exemple dans quel frigo, quel tiroir, quelle boîte). Tu gagneras un maximoum de temps 😉
Les Tips du Renard pour bien vivre sa thèse de biologie 